In iOS 6 Apple har forbedret sikkerhedssystemet i sit operativsystem markant, men det lader til at han kan udnyttes ved hjælp af nogle applikationer fra App Store som ikke er godt beskyttet. SSL-sikkerhedssystemet, der giver brugerne mulighed for sikkert at oprette forbindelse til forskellige websteder, diskuteres, iOS har en liste over verificerede SSL-certifikater, som Safari genkender og giver brugerne sikkerhed for, at de ikke opretter forbindelse til et websted for nogle hackere.
Selvom Safari advarer brugere, når de opretter forbindelse til et websted, der har et usikkert SSL-certifikat, og som sandsynligvis ejes af hackere, gør nogle tredjepartsapplikationer ikke det samme. Nogle tredjepartsapplikationer til iOS den ignorerer listen over sikre certifikater og accepterer enhver form for certifikater, uanset hvem der har udstedt dem, og udsætter dermed brugere for hackere, som meget nemt kunne stjæle deres data, hvis de får adgang til den server, hvorigennem de får adgang til internettet.
Indtil videre er der kun præsenteret en kort liste over amerikanske applikationer, men i betragtning af, at der er over 750.000 applikationer i App Store, er der mulighed for, at mange af dem er usikre.
