Omicron-varianten af COVID har skabt stor bekymring over hele verden og er blevet bekræftet, herunder infektion af nogle mennesker i Europa, men hvis du vil vide mere om, hvad denne nye stamme betyder, så præsenterer CNCAV os for en række vigtige detaljer nedenfor.
""OMICRON. Vi har i hvert fald en ny variant. Grim. Så meget desto mere besværligt som respondenternes kompetenceniveauer er, hvad vi kender. Den eneste trøst bør være, at givet svarenes færdighedsniveauer, kan vi forvente, at virus før eller siden stopper med at udvikle sig. På samme princip om den røde dronning, som jeg gentagne gange har henvist til i forbindelse med viral evolutionisme: "i naturen er det nødvendigt at løbe så hurtigt som muligt for i det mindste at blive på samme sted" (Lewis Carroll-Alice i skueglasland).
Omicron-varianten dukkede op engang omkring oktober i Republikken Sydafrika. Mest sandsynligt som et resultat af infektion hos en alvorligt immunsupprimeret patient (sandsynligvis ubehandlet HIV-HIV-infektion har en prævalens på mere end 30 % i den sydafrikanske befolkning), der producerede suboptimale immunresponser. Hvilke reaktioner tvang virussen til at udvikle sig for at undgå dem, men på den anden side var ude af stand til at eliminere den. Og på denne måde blev der produceret en vedvarende SARS-CoV-2-infektion.
Jeg har set tilfælde som dette før, et af dem endda hos en transplanteret patient i Pittsburgh.
Godt. Hvad kom ud? Dette er hvad der kom ud. En variant, der har i alt 50 mutationer, mere end 30 af dem i strukturen af spidsproteinet og 10 i RBD (receptorbindingsdomænet), den struktur, der binder til receptorer, og som neutraliserende antistoffer til, inklusive dem i vaccinen. , er instrueret.
Mutationer i spidsproteinstrukturen – A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417K, S440N, S446N, S477N, S478N, E484N, E493K A, Q496K, G498S , Q501R, N505Y, Y547H, T614K, D655G, H679Y, N681K, P764H, N796K, D856Y, N954K, Q969H, N981K, LXNUMXF.
Mutationer andre end i spidsproteinet- NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 - P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R.
Hvordan læser vi mutationer? Initialerne er aminosyrer.
• D614G. Det betyder, at i position 614 af glycoproteinet er asparaginsyre (D) blevet erstattet af glycin (G). Dette er en velkendt mutation, den opstod i Wuhan-stammen, da den først kom ind i Europa sidste år og bidrog afgørende til SARS-CoV-2-pandemien
• L452R. Substitution, i position 452, af leucin med arginin: giver en bedre binding af spidsproteinet til receptoren og reducerer evnen til at blive genkendt af immunsystemet.
• P681R. Udskiftning, i position 681, af prolin med arginin. Det menes at øge virusets cellulære infektivitet ved at spalte S-precursoren i den aktive S1/S2-konfiguration.
ikke godt
Den dårlige nyhed:
• Omicron-varianten spreder sig hurtigt. I en graf over den indledende spredning af virale varianter slår alt, hvad der bevæger sig. Se diagrammet.
• Indtil videre er tilfælde blevet identificeret i Sydafrika, Lesotho, Botswana, Zimbabwe, Mozambique, Namibia og Eswatini, Hong Kong og Belgien. Måske kommer der flere, men jeg har ikke set i et par timer.
• Talrige mutationer i RBD (og NTD) associerer resistens over for neutraliserende antistoffer (inklusive monoklonale antistoffer anvendt i terapi).
• Klyngen af mutationer i nærheden af furin-spaltningsstedet (H655Y+N679K+P681H) øger effektiviteten af virusindtrængen i cellen og dermed virusoverførbarheden.
• Deletionen af nsp106 (△105-107), som ikke er ny for omicron, kan generere antagonisme af interfenoner, dvs. modstand mod medfødt immunitet, og dermed øge overførbarheden.
• R203K+G204R er mutationer, der forekommer uden for spike-domænet, i nukleocapsiden (de var i alfa-, gamma- og lambda-varianterne) og er forbundet med øget infektivitet.
• I Hong Kong havde de to testede patienter ekstremt høj viral belastning (positiv ved 17-18 realtidscyklusser), hvilket tyder på en meget høj virusproduktion. Det kan føre til både alvorlig sygdom og øget overførbarhed.
• Patienter i Hong Kong befandt sig i forskellige rum, og virussen blev fundet vidt spredt i de to rum - hvilket betyder, at virussen kan overføres gennem aerosoler. Det spredes meget let (og høj viral belastning hjælper overhovedet ikke).
Den gode nyhed:
• △69-70-deletionen i S-genet tillader meget let identifikation af omicron-varianten - deraf dens umiddelbare sporbarhed.
• de fleste regioner i N- og RdRp-generne, som bruges til diagnosticering ved real-time PCR-tests, er bevarede. Hvilket betyder, at testene vil fungere til overvågning af patienter, der er inficeret med omicron-varianten.
• på samme måde er regionerne af nukleocapsidstrukturen, der genkendes af de hurtige antigentest, ikke væsentligt modificerede og vil være i stand til at blive genkendt. Så testene virker stadig.
• En af eksperterne i den strukturelle biologi af coronavirus foreslog, at de kombinerede P681H- og N679K-mutationer er ekstremt sjældne, netop fordi de ikke er stabile. Han bemærkede dog, at det ikke vides, hvordan disse mutationer påvirkes af resten af mutationerne i omicron-strukturen.
Hvad ved vi ikke?
• i hvilket omfang virussen har kapacitet til at sprede sig massivt i verden og erstatte deltavarianten. Hvad er overførbarheden af denne virus (dvs. er R0 højere, fortsætter rækken af stigninger med hver ny variant)?
• i hvilket omfang omicron-infektion har større patogenicitet (dvs. større dødelighed og følgesygdomme). Det er allerede kendt, at nogle patienter stadig kan forblive asymptomatiske.
Hvad ved vi?
-at vi skal beskytte os selv. Bær en maske, når du er i lukkede rum sammen med andre mennesker.
- forlad ikke huset, hvis du har feber. Lad ikke dine kollegaer/ansatte/elever/studerende komme i skole, hvis de har feber.
Desværre er vi ikke ude af skoven, og vi vil nok blive ved med at starte forfra, indtil vi lærer, at vi skal gøre, og hvad vi skal gøre, ikke kun det, vi har lyst til.
Afbildet, hvordan de virale varianter oprindeligt spredte sig i Republikken Sydafrika."
Dr. Cristian Apetrei, rumænsk professor i Institut for Mikrobiologi og Molekylær Genetik, medlem af Center for Vaccineforskning og Postgraduate Program i Mikrobiologi og Immunologi (PMI) ved University of Pittsburgh, USA."
