COVIDin Omicron-variantti on herättänyt suurta huolta kaikkialla maailmassa, ja se on varmistunut, mukaan lukien joidenkin eurooppalaisten tartunta, mutta jos haluat tietää lisää tämän uuden kannan merkityksestä, CNCAV esittelee meille alla joukon tärkeitä yksityiskohtia.
""OMICRON. Joka tapauksessa meillä on uusi versio. Ikävä. Sitä synkempää on, että vastaajien osaamistasot ovat meidän tiedossamme. Ainoa lohdutus lienee se, että kun otetaan huomioon vastausten taitotaso, voimme odottaa, että ennemmin tai myöhemmin virus lakkaa kehittymästä. Samalla punaisen kuningattaren periaatteella, johon olen toistuvasti viitannut virusevolutionismin yhteydessä: "luonnossa on välttämätöntä juosta niin nopeasti kuin pystyy pysymään ainakin samassa paikassa" (Lewis Carroll-Alice lasimaa).
Omikronin variantti ilmestyi joskus lokakuun tienoilla Etelä-Afrikan tasavallassa. Todennäköisimmin vakavan immuunivasteen heikentyneen potilaan infektion seurauksena (todennäköisesti hoitamaton HIV-HIV-infektion esiintyvyys on yli 30 % Etelä-Afrikan väestöstä), joka tuotti optimaalista immuunivastetta. Mitkä vastaukset pakottivat viruksen kehittymään välttääkseen niitä, mutta toisaalta eivät kyenneet poistamaan sitä. Ja tällä tavalla tuotettiin jatkuva SARS-CoV-2-infektio.
Olen nähnyt tällaisia tapauksia ennenkin, yksi niistä jopa elinsiirtopotilaassa Pittsburghissa.
Hyvä. Mitä tuli ulos? Tämä tuli ulos. Variantti, jossa on yhteensä 50 mutaatiota, joista yli 30 piikkiproteiinin rakenteessa ja 10 RBD:ssä (reseptorin sitomisdomeeni), rakenne, joka sitoutuu reseptoreihin ja jota vastaan neutraloivia vasta-aineita, mukaan lukien rokotteessa olevat. , ohjataan.
Mutaatiot piikkiproteiinirakenteessa – A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417K, S440F, E446N, S477N, S478K, 484, N493 A, Q496K, G498S , Q501R, N505Y, Y547H, T614K, D655G, H679Y, N681K, P764H, N796K, D856Y, N954K, Q969H, N981K, LXNUMXF.
Muut kuin piikkiproteiinin mutaatiot - NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R.
Kuinka luemme mutaatioita? Alkukirjaimet ovat aminohappoja.
• D614G. Se tarkoittaa, että glykoproteiinin kohdassa 614 asparagiinihappo (D) on korvattu glysiinillä (G). Tämä on hyvin tunnettu mutaatio, se tapahtui Wuhan-kannassa, kun se saapui Eurooppaan viime vuonna ja vaikutti ratkaisevasti SARS-CoV-2-pandemiaan.
• L452R. Leusiinin korvaaminen kohdassa 452 arginiinilla: antaa piikkiproteiinin paremman sitoutumisen reseptoriin ja vähentää immuunijärjestelmän kykyä tunnistaa.
• P681R. Proliinin korvaaminen kohdassa 681 arginiinilla. Sen uskotaan lisäävän viruksen solun tarttuvuutta katkaisemalla S-prekursorin aktiiviseen S1/S2-konfiguraatioon.
ei hyvä
Huonot uutiset:
• Omikronin variantti leviää nopeasti. Virusmuunnelmien alkuperäisen leviämisen kaaviossa kaikki mikä liikkuu voittaa. Katso kaavio.
• Tähän mennessä tapauksia on tunnistettu Etelä-Afrikassa, Lesothossa, Botswanassa, Zimbabwessa, Mosambikissa, Namibiassa ja Eswatinissa, Hongkongissa ja Belgiassa. Ehkä niitä tulee lisää, mutta en ole katsonut muutamaan tuntiin.
• Lukuisat mutaatiot RBD:ssä (ja NTD:ssä) yhdistävät resistenssin neutraloiville vasta-aineille (mukaan lukien hoidossa käytetyt monoklonaaliset vasta-aineet).
• Furiinin katkaisukohdan (H655Y+N679K+P681H) läheisyydessä oleva mutaatioklusteri lisää viruksen soluun pääsyn tehokkuutta ja siten viruksen siirtymistä.
• Nsp106:n (△105-107) deleetio, joka ei ole uutta omikronille, voi aiheuttaa interfenonien antagonismin eli vastustuskyvyn synnynnäiselle immuniteetille, mikä lisää tarttuvuutta.
• R203K+G204R ovat mutaatioita, joita esiintyy piikkidomeenin ulkopuolella, nukleokapsidissa (ne olivat alfa-, gamma- ja lambda-variantteja) ja liittyvät lisääntyneeseen tarttuvuuteen.
• Hongkongissa kahdella testatulla potilaalla oli erittäin korkea viruskuorma (positiivinen 17–18 reaaliaikaisessa syklissä), mikä viittaa erittäin korkeaan virustuotantoon. Se voi johtaa sekä vakavaan sairauteen että lisääntyneeseen tartuntakykyyn.
• Hongkongissa potilaat olivat eri huoneissa, ja virus havaittiin levinneen laajasti kahdessa huoneessa – eli virus tarttuu aerosolien välityksellä. Se leviää erittäin helposti (eikä korkea viruskuorma auta ollenkaan).
Hyvät uutiset:
• S-geenin △69-70-deleetio mahdollistaa omikronivariantin erittäin helpon tunnistamisen - siten sen välittömän jäljitettävyyden.
• useimmat alueet N- ja RdRp-geeneissä, joita käytetään diagnoosiin reaaliaikaisissa PCR-testeissä, ovat konservoituneita. Tämä tarkoittaa, että testit toimivat omikronivariantilla infektoituneiden potilaiden seurannassa.
• Samoin pika-antigeenitestien tunnistamat nukleokapsidirakenteen alueet eivät ole olennaisesti modifioituja ja ne voidaan tunnistaa. Joten testit toimivat edelleen.
• Yksi koronavirusten rakennebiologian asiantuntijoista ehdotti, että yhdistetyt P681H- ja N679K-mutaatiot ovat erittäin harvinaisia juuri siksi, että ne eivät ole stabiileja. Hän kuitenkin huomautti, että ei tiedetä, kuinka muut omikronirakenteen mutaatiot vaikuttavat näihin mutaatioihin.
Mitä emme tiedä?
• missä määrin viruksella on kyky levitä massiivisesti maailmassa korvaten deltavarianttia. Mikä on tämän viruksen tarttuvuus (eli onko R0 korkeampi, jatkaen lisääntymissarjaa jokaisen uuden muunnelman myötä)?
• missä määrin omicron-infektiolla on suurempi patogeenisyys (eli suurempi kuolleisuus ja seuraukset). On jo tiedossa, että jotkut potilaat voivat edelleen olla oireettomia.
Mitä me tiedämme?
- että meidän on suojeltava itseämme. Käytä maskia aina, kun olet suljetuissa tiloissa muiden ihmisten kanssa.
- älä poistu kotoa, jos sinulla on kuumetta. Älä anna kollegoiden/työntekijöiden/oppilaiden/opiskelijoiden tulla kouluun, jos heillä on kuumetta.
Valitettavasti emme ole poissa metsästä, ja jatkamme todennäköisesti alusta, kunnes opimme, että meidän on tehtävä ja mitä meidän on tehtävä, ei vain sitä, mitä haluamme tehdä.
Kuvassa, kuinka virusmuunnelmat levisivät alun perin Etelä-Afrikan tasavallassa."
Dr. Cristian Apetrei, romanialainen professori mikrobiologian ja molekyyligenetiikan osastolla, Rokotetutkimuksen keskuksen ja mikrobiologian ja immunologian jatko-ohjelman (PMI) jäsen Pittsburghin yliopistossa Yhdysvalloissa."
