Wariant wirusa Covid-19 Omicron wzbudził duże obawy na całym świecie, potwierdzono m.in. zakażenie niektórych osób w Europie. Jeśli jednak chcesz dowiedzieć się więcej o tym, co oznacza ten nowy szczep, CNCAV przedstawia nam poniżej szereg ważnych szczegółów.
„OMICRON. W każdym razie mamy nowy wariant. Paskudny. Tym bardziej okropne, że poziom kompetencji respondentów jest tym, co wiemy. Jedynym pocieszeniem powinno być to, że biorąc pod uwagę poziom umiejętności udzielanych odpowiedzi, możemy spodziewać się, że prędzej czy później wirus przestanie się rozwijać. Na tej samej zasadzie czerwonej królowej, do której wielokrotnie odwoływałem się w związku z wirusowym ewolucjonizmem: „w przyrodzie trzeba biec tak szybko, jak się da, aby przynajmniej pozostać w tym samym miejscu” (Lewis Carroll-Alice w kraina lustrzana).
Wariant omikrona pojawił się około października w Republice Południowej Afryki. Najprawdopodobniej w wyniku zakażenia u pacjenta z ciężką obniżoną odpornością (prawdopodobnie nieleczone zakażenie wirusem HIV – zakażenie HIV występuje u ponad 30% populacji Republiki Południowej Afryki), które spowodowało suboptymalną odpowiedź immunologiczną. Które reakcje zmusiły wirusa do ewolucji, aby je ominąć, ale z drugiej strony nie były w stanie go wyeliminować. I w ten sposób doszło do trwałej infekcji SARS-CoV-2.
Widziałem już takie przypadki, jeden z nich dotyczył nawet pacjenta po przeszczepie w Pittsburghu.
Dobry. Co wyszło? Oto co wyszło. Wariant, który ma łącznie 50 mutacji, ponad 30 z nich w strukturze białka kolczastego i 10 w RBD (domenie wiążącej receptor), strukturze, która wiąże się z receptorami i do której przeciwciała neutralizujące, w tym te zawarte w szczepionce , są skierowane.
Mutacje w strukturze białka kolca – A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A , Q493K , G496S , Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F.
Mutacje inne niż w białku spike - NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R.
Jak odczytujemy mutacje? Inicjały to aminokwasy.
• D614G. Oznacza to, że w pozycji 614 glikoproteiny kwas asparaginowy (D) został zastąpiony glicyną (G). Jest to dobrze znana mutacja, wystąpiła w szczepie Wuhan, kiedy po raz pierwszy przybył do Europy w zeszłym roku i zdecydowanie przyczyniła się do pandemii SARS-CoV-2
• L452R. Zastąpienie w pozycji 452 leucyny argininą: zapewnia lepsze wiązanie białka kolczastego z receptorem i zmniejsza zdolność do rozpoznania przez układ odpornościowy.
• P681R. Zastąpienie proliny w pozycji 681 argininą. Uważa się, że zwiększa zakaźność komórkową wirusa poprzez rozszczepienie prekursora S do aktywnej konfiguracji S1/S2.
niedobrze
Złe wiadomości:
• Wariant omikronowy rozprzestrzenia się szybko. Na wykresie początkowego rozprzestrzeniania się wariantów wirusa bije wszystko, co się rusza. Zobacz wykres.
• Jak dotąd przypadki zidentyfikowano w Republice Południowej Afryki, Lesotho, Botswanie, Zimbabwe, Mozambiku, Namibii i Eswatini, Hongkongu i Belgii. Może będzie tego więcej, ale nie oglądam od kilku godzin.
• Liczne mutacje w RBD (i NTD) wiążą się z opornością na przeciwciała neutralizujące (w tym stosowane w terapii przeciwciała monoklonalne).
• Skupienie mutacji w pobliżu miejsca rozszczepienia furyny (H655Y+N679K+P681H) zwiększa skuteczność wnikania wirusa do komórki, a co za tym idzie, zdolność przenoszenia wirusa.
• Usunięcie nsp106 (△105-107), co nie jest nowością dla omikronu, może generować antagonizm interfenonów, czyli oporność na odporność wrodzoną, zwiększając w ten sposób zdolność do przenoszenia.
• R203K+G204R to mutacje występujące poza domeną spike, w nukleokapsydzie (występowały w wariantach Alpha, Gamma i Lambda) i są związane ze zwiększoną zakaźnością.
• W Hongkongu dwóch przebadanych pacjentów miało niezwykle wysokie miano wirusa (dodatnie w 17–18 cyklach w czasie rzeczywistym), co sugeruje bardzo wysoką produkcję wirusa. Może prowadzić zarówno do ciężkiej choroby, jak i zwiększonej zakaźności.
• Pacjenci w Hongkongu przebywali w różnych pokojach i stwierdzono, że wirus był szeroko rozprzestrzeniony w obu pokojach, co oznacza, że wirus jest przenoszony przez aerozole. Rozprzestrzenia się bardzo łatwo (a wysokie miano wirusa wcale nie pomaga).
Dobre wieści:
• delecja △69-70 w genie S pozwala na bardzo łatwą identyfikację wariantu omikronu – stąd jego natychmiastowa identyfikowalność.
• większość regionów w genach N i RdRp, które są wykorzystywane do diagnozy za pomocą testów PCR w czasie rzeczywistym, jest konserwatywna. Oznacza to, że testy sprawdzą się w monitorowaniu pacjentów zakażonych wariantem omikronu.
• podobnie regiony struktury nukleokapsydu rozpoznawane w szybkich testach antygenowych nie są zasadniczo modyfikowane i będą mogły zostać rozpoznane. Zatem testy nadal działają.
• Jeden z ekspertów w dziedzinie biologii strukturalnej koronawirusów zasugerował, że połączone mutacje P681H i N679K są niezwykle rzadkie właśnie dlatego, że nie są stabilne. Zauważył jednak, że nie wiadomo, jaki wpływ na te mutacje mają pozostałe mutacje w strukturze omikronu.
Czego nie wiemy?
• w jakim stopniu wirus może masowo rozprzestrzenić się na świecie, zastępując wariant delta. Jaka jest zdolność przenoszenia się tego wirusa (tzn. czy R0 jest wyższe, kontynuując serię wzrostów z każdym nowym wariantem)?
• w jakim stopniu infekcja omicronem ma większą patogenność (tj. większą śmiertelność i następstwa). Wiadomo już, że u niektórych pacjentów choroba może nadal przebiegać bezobjawowo.
Co wiemy?
- że musimy się chronić. Noś maskę zawsze, gdy przebywasz w zamkniętych pomieszczeniach z innymi osobami.
- nie wychodź z domu, jeśli masz gorączkę. Nie pozwalaj swoim kolegom/pracownikom/uczniom/studentom przychodzić do szkoły, jeśli mają gorączkę.
Niestety, nie wyszliśmy z tego cało i prawdopodobnie będziemy zaczynać od nowa, dopóki nie nauczymy się, że musimy i co musimy zrobić, a nie tylko to, na co mamy ochotę.
Na zdjęciu, jak warianty wirusa początkowo rozprzestrzeniły się w Republice Południowej Afryki.”
Dr Cristian Apetrei, rumuński profesor na Wydziale Mikrobiologii i Genetyki Molekularnej, członek Centrum Badań nad Szczepionkami oraz Podyplomowego Programu Mikrobiologii i Immunologii (PMI) na Uniwersytecie w Pittsburghu, USA.”
